Принцип работы молекулярное просеивание молекулы основаны на селективности их размера пор. В кристаллах молекулярного сита имеется большое количество каналов микропор и клеток пор с размером, сходным с молекулярным размером. Только когда диаметр молекулярной динамики меньше размера пор молекулярного сита, молекулы могут входить в поры и адсорбироваться. Молекулы больше размера пор не могут входить и могут только проходить через поры, тем самым достигая цели разделения молекул разных размеров.